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常用的有甲醛（35～40%的甲醛水溶液）、過氧化氫、次氯酸鈉等，其中過氧化氫使用較多，濃度3%，消毒時間0.5小時以上。常用化學消毒劑見下表：
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消毒劑 |
有效濃度 |
作用時間 |
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非膜係統 |
- |
- |
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次氯酸鈉 |
100-200ppm |
30-60min |
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膜係統 |
- |
- |
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過氧化氫 |
3-5ppm |
30min |
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過氧乙酸 |
1.00% |
30min |
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甲醛 |
0.50% |
30min |
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異噻唑啉哃 |
50ppm |
120min |
注：如企業采用化學消毒方法，應當規定消毒後殘留的化學消毒劑的衝洗方法。
二、臭氧消毒
目前在純化水係統中能連續去除細菌和病毒的最好方法，但需在使用點前安裝紫外線燈。適用於純化水管道的消毒。
三、紫外線消毒
波長200nm～300nm的紫外線有較強的殺菌能力，在253.7nm的(de)光(guang)線(xian)效(xiao)果(guo)最(zui)好(hao)，安(an)裝(zhuang)位(wei)置(zhi)離(li)使(shi)用(yong)點(dian)越(yue)近(jin)越(yue)好(hao)，其(qi)後(hou)安(an)裝(zhuang)除(chu)菌(jun)級(ji)濾(lv)器(qi)。可(ke)與(yu)熱(re)消(xiao)毒(du)法(fa)或(huo)化(hua)學(xue)消(xiao)毒(du)法(fa)配(pei)合(he)使(shi)用(yong)，有(you)利(li)於(yu)過(guo)氧(yang)化(hua)氫(qing)和(he)臭(chou)氧(yang)的(de)降(jiang)解(jie)。
注：紫外燈滅菌的光強隨時間衰減，應當有光強度檢驗或時間記錄儀，以便定期清洗或更換紫外燈管。
四、巴氏消毒（熱力消毒）
純化水係統采用，較少見。一般保持管道係統內60～80℃的溫度，30～60分鍾。適用於活性炭過濾器、軟化器和儲存循環管路。
五、蒸汽消毒
蒸汽消毒水管係統要能用純蒸汽（如121℃，0.2 MPa）滅菌。儲罐/管道須有滅菌、消毒接口，若采用蒸汽滅菌，應當設置足夠的疏水器。適用於耐壓容器和管道。
特別說明
石英砂、活性炭過濾器的衝洗更換、樹脂的再生、濾芯/濾膜（保安過濾器的濾芯、反滲透膜等）、在(zai)線(xian)滅(mie)菌(jun)部(bu)件(jian)的(de)更(geng)換(huan)等(deng)等(deng)的(de)保(bao)養(yang)頻(pin)次(ci)以(yi)部(bu)件(jian)生(sheng)產(chan)廠(chang)商(shang)規(gui)定(ding)的(de)為(wei)依(yi)據(ju)，可(ke)依(yi)據(ju)製(zhi)水(shui)係(xi)統(tong)的(de)使(shi)用(yong)頻(pin)次(ci)和(he)製(zhi)水(shui)量(liang)的(de)大(da)小(xiao)等(deng)因(yin)素(su)進(jin)行(xing)維(wei)護(hu)保(bao)養(yang)頻(pin)次(ci)的(de)規(gui)定(ding)，並(bing)形(xing)成(cheng)驗(yan)證(zheng)文(wen)件(jian)。
水係統的儲水桶、輸送管道的清洗、消毒或滅菌等清洗消毒操作後，需對製備的工藝用水進行檢驗，驗證清洗消毒的效果，形成清洗、消毒或滅菌有效性的驗證報告。
