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秸稈生物反應堆分為：內置式、外置式和內外結合式三種，生產實踐中多數種植戶適宜采用內置式配套植物疫苗技術，方法如下：
一、內置式反應堆建造時間。3月上旬至4月中旬。
二、內置式反應堆建造方法。在樹行下，從樹幹兩邊分別起土至樹冠外緣下方。靠近樹幹處起土深度10厘米，越往外越深，到樹冠外緣下方深度為20厘米，以露出毛細根為宜，注意盡量不要傷大根。將所起土分放在四周，形成埂畦式造型。在畦內按行距30厘米，穴距25厘米刨穴，穴深8-10厘米，在每穴中撒接一小把處理好的植物疫苗，並在表麵均勻撒一層。最後，圍繞樹幹根基部撒接一圈。然後在畦內鋪放秸稈，厚度為30厘米。填完秸稈後，可在秸稈上撒施150-200千克蓖麻餅、棉子餅等餅肥，再將處理好的菌種，按每棵的用量均勻撒在秸稈上麵。撒完菌種後，用鍁輕輕拍振一遍，接著覆土，厚度8-10厘米。反應堆全部建完後澆一次大水，濕透秸稈，晾曬3天後，蓋地膜，在膜上用14號鋼筋按行距30厘米，孔距20厘米打孔，孔深以穿透秸稈層為準。果樹內置反應堆一般每畝需秸稈4000-5000千克，菌種8-10千克，疫苗4-5千克。
三、菌種和植物疫苗的處理
1、菌種處理：菌種可現拌現用，也可當天晚上拌好第2天用。具體方法，是1千克菌種加20千克麥麩，1千克麥麩加0.8千克水，先把菌種和麥麩幹著拌勻再倒水，以拌好後用手一攥手指縫出水為宜，然後攤成10厘米厚，用紗網遮蓋防蒼蠅。
2、植物疫苗處理：方法與拌菌種相同。為了能均勻接種疫苗，最好每畝地用100-150千克草粉，將草粉加水拌勻，以用手一攥手指縫滴水為度，然後與拌好的疫苗拌勻，堆成堆，溫度達到55℃時翻堆2次。最後平攤於背陰處，厚度10厘米左右，用紗網遮蓋防蒼蠅，處理5-7天待用。
四、注意事項。要做到“三足”、“一露”、“四不宜”。三足：秸稈用量要足；菌種用量要足；第一次澆水要足，以濕透秸稈為宜。一露：內置溝兩頭秸稈要露出茬頭10厘米。四不宜：溝不宜挖成深條溝；開溝不宜過深，以20厘米為宜；覆土不宜過厚，以10-15厘米為宜；打孔不宜過晚，澆水4天後及時打孔。
