當免疫組化染色沒有出現預期結果時，應係統地查找原因，而每一次隻能排除一種可能的原因。
對照/標本無染色
①確認是否忽略了應該加的某種試劑，包括一抗、二抗、三抗及底物等。
②確認所有的試劑是否按正確的順序加入，是否孵育了足夠的時間。
③duizhaokangtidebiaoqianquerenshifoushiyonglezhengquedekangti，yijisuoyongdejiancexitongshifouheyikangpipei，zheyidianshifeichangzhongyaode。biru
，ruguoyikangshitulaiyuandekangti，erkangyidingyaoyongkangtudeerkanglaipipei
；或一抗是小鼠的IgM一抗
，二抗必須是山羊/兔抗小鼠的IgM（不是IgG）二抗。
④檢查抗體所使用的稀釋度及稀釋溶液。
⑤檢查抗體的有效期和保存條件，尤其是標記了酶或熒光素的抗體，現在大多數試劑公司的抗體均要求在4~8℃條件下保存，應避免反複凍融，試劑保存時一定要避免與揮發性有機溶劑同放一室，以免降低抗體的效價。
⑥檢查標本的儲存條件，最好用已知陽性的標本來同時做陽性對照。
⑦檢查色原/底di物wu溶rong液ye，最zui簡jian單dan的de檢jian測ce方fang法fa是shi將jiang一yi滴di標biao記ji有you酶mei的de抗kang體ti加jia入ru到dao製zhi備bei好hao的de底di物wu溶rong液ye中zhong，如ru果guo底di物wu發fa生sheng預yu期qi的de顏yan色se變bian化hua

，則ze可ke排pai除chu底di物wu的de因yin素su。需xu要yao注zhu意yi的de是shi，有you些xie底di物wu在zai製zhi成cheng工gong作zuo液ye後hou應ying在zai一yi定ding時shi間jian內nei用yong完wan

，否fou則ze會hui失shi效xiao。
⑧檢查衝洗液是否和反應試劑匹配，溶液的pH值很重要
，與過氧化物酶底物匹配的溶液中不應含有疊氮鈉。
⑨檢查複染劑和封片劑是否和所使用的色原匹配。
弱陽性
如果陰性對照沒有染色而陽性對照標本弱陽性，除了考慮上述因素外，還應考慮：
①標本的固定方式，不當的固定方式或固定時溫度過高，都會影響到所檢測的抗原的數量和質量。
②不bu適shi當dang的de抗kang原yuan修xiu複fu方fang式shi，由you於yu石shi蠟la切qie片pian在zai製zhi作zuo的de過guo程cheng中zhong固gu定ding劑ji對dui抗kang原yuan的de封feng閉bi作zuo用yong，必bi須xu用yong抗kang原yuan熱re修xiu複fu或huo酶mei消xiao化hua或huo兩liang種zhong同tong時shi使shi用yong的de抗kang原yuan雙shuang暴bao露lu法fa，至zhi於yu使shi用yong哪na一yi種zhong方fang法fa
，應ying參can照zhao生sheng產chan廠chang家jia的de說shuo明ming，同tong時shi結jie合he標biao本ben的de具ju體ti情qing況kuang而er定ding。
③抗體的稀釋度是否過高或者孵育的溫度/shijianshifouzhengque。yibanshijishengchanchangjiadouhuiduishijigeichuyidingdeshiyongfanwei，danshiyouyushiyongzhedebiaobenlaizigezhongzuzhi
，chuliguochengyebujinxiangtong
，suoyiyingcanzhaoshiyongfanwei，duisuoshiyongdeyikangjinxingtiduceshi，zhaochuzuijiadeshiyongnongdu。
④切片上遺留了過多的衝洗液，當抗體加至切片上時，等於人為地對抗體進行了進一步的稀釋。
⑤孵育時切片是否放置水平
，否則會導致抗體流失。
如果陰性對照沒有反應，陽性對照反應良好，而標本弱陽性
，則可能是由於陽性對照不是同一種組織
、或固定方式不同等原因所致。
非特異性染色
①shifouyouxiaodiquchuleneiyuanxingmeiheshengwusu。yingzhuyideshi，bingbushimeiyizhongzuzhijunxuyaojinxingcibuzhou，danduiyuneiyuanxingmeihuoshengwusufengfudezuzhi，ruganzang

、腎髒等，需考慮此原因。處理的方法為：
滅活堿性磷酸酶：最常用的方法是將左旋咪唑（24mg/m1）加入底物液中
，並保持pH值在7.6~8.2
，即能除去大部分內源性堿性磷酸酶
，對於仍能幹擾染色的酸性磷酸酶，可用50mmol/L的酒石酸抑製。
飽和處理內源性生物素：消除內源性生物素的方法是事先滴加親和素，以飽和內源性生物素，使之不再有剩餘的結合位點。具體方法是在ABC法或SP法染色前將切片浸於25ug/ml親和素溶液中處理15分鍾，PBS清洗15分鍾後即可染色。
②是否選擇使用了正確的封閉血清。電荷吸附所造成的非特異性背景染色消除方法是以二抗動物的非免疫血清，用PBS稀釋為3%-10%溶液孵育切片，以封閉吸附位點。有時其它無關蛋白，如牛血清白蛋白也常應用。另外
，取材時避開出血、壞死區亦極重要。最近有些國內的實驗室應用5%脫脂奶粉替代血清進行抗原封閉，效果也不錯。
③所選擇的抗體是否符合試驗要求。因抗原不純、標本片中含有與靶抗原相似的抗原決定簇等原因造成的非特異性染色隻能通過采用高純度、高效價的抗體、或針對更具特異性抗原決定簇的單克隆抗體來解決。
④一抗的使用濃度是否過高。
⑤清洗是否充分。應嚴格操作規程。因在緩衝液中含有一定量的鹽，這亦有利於減低背景著色，通常0.05mol/l Tris—HCl
，0.15mol/l NaCl已適用於多數染色方法，溶液內加入吐溫20，效果更佳。特殊標記時，試劑公司一般都提供緩衝液的配方。
⑥ DBA的使用是否正確。DAB的孵育時間和配製方式可以產生某些背景顏色，使用濃縮型DAB試劑盒時，請嚴格按照說明書標明的滴加順序操作
，注意校正蒸餾水的pH值
，以確保實驗結果的正確性

；粉劑DAB溶解時，常有一些不溶性顆粒，這些顆粒須經過濾除去，否則可能沉積於切片組織上，產生斑點狀著色。另外，DAB保存不妥產生氧化物亦可沉積於切片上，因此需將DAB保存於避光幹燥處
，現用現配
，臨用前加H2O2。孵育時間過長也會造成背景染色。
⑦標本染色過程中是否曾經幹涸，否則會造成邊緣部的非特異性染色。
⑧檢查二抗與標本的內源性組織蛋白是否有交叉反應。