CFU的計量方式與直接計數菌體數量不同，它專門計算能夠在培養基上生長形成菌落的活細菌。理(li)論(lun)上(shang)，一(yi)個(ge)活(huo)細(xi)菌(jun)在(zai)適(shi)宜(yi)條(tiao)件(jian)下(xia)可(ke)以(yi)形(xing)成(cheng)一(yi)個(ge)菌(jun)落(luo)
，但(dan)實(shi)際(ji)上(shang)，由(you)於(yu)細(xi)菌(jun)可(ke)能(neng)吸(xi)附(fu)在(zai)微(wei)小(xiao)顆(ke)粒(li)上(shang)或(huo)粘(zhan)連(lian)在(zai)一(yi)起(qi)
，多(duo)個(ge)細(xi)菌(jun)可(ke)能(neng)共(gong)同(tong)形(xing)成(cheng)一(yi)個(ge)菌(jun)落(luo)。因此，CFU並不等同於細菌的實際數量，而是一種基於能夠形成可見菌落的活細菌的估算值。

CFU計數不能精確反映細菌的真實數量的主要原因：

1、菌落合並：在實際操作中
，待測樣品往往難以完全分散成單個細胞，因此長成的一個單菌落可能來源於樣品中的兩個或更多個細胞的聚集生長。

2、培養條件限製：並(bing)非(fei)所(suo)有(you)細(xi)菌(jun)都(dou)能(neng)在(zai)標(biao)準(zhun)的(de)培(pei)養(yang)條(tiao)件(jian)下(xia)生(sheng)長(chang)，有(you)些(xie)細(xi)菌(jun)可(ke)能(neng)因(yin)為(wei)特(te)殊(shu)的(de)營(ying)養(yang)需(xu)求(qiu)或(huo)生(sheng)理(li)特(te)性(xing)而(er)無(wu)法(fa)被(bei)培(pei)養(yang)出(chu)來(lai)
，這(zhe)會(hui)導(dao)致(zhi)實(shi)際(ji)存(cun)在(zai)的(de)細(xi)菌(jun)數(shu)量(liang)被(bei)低(di)估(gu)。 

3、菌落形成單位的定義：CFU計數是基於活菌計數的
，即每個菌落代表一個能夠形成可見菌落的活細菌細胞或細胞群體。這個計數方法假設每個菌落起源於單一的細胞
，但實際上可能並非如此。 

4、操作誤差：在樣品的稀釋
、接種和計數過程中，人為操作可能引入誤差
，這些誤差會影響最終的計數結果的準確性。

5、菌落計數的主觀性：菌落計數依賴於人工觀察和計數
，不同的觀察者可能會有不同的計數標準
，從而導致結果的變異。