菌落總數是指食品檢樣經過處理
，在一定條件下培養後所得1g或1mL檢樣中所含細菌菌落的總數。它可以反應食品的新鮮度、被細菌汙染的程度、生產過程中食品是否變質和食品生產的一般衛生狀況等。因此它是判斷食品衛生質量的重要依據之一。

大da腸chang菌jun群qun包bao括kuo大da腸chang杆gan菌jun和he產chan氣qi杆gan菌jun的de一yi些xie中zhong間jian類lei型xing的de細xi菌jun。這zhe些xie細xi菌jun是shi寄ji居ju於yu人ren及ji溫wen血xue動dong物wu腸chang道dao內nei的de腸chang居ju菌jun，它ta隨sui著zhe的de大da便bian排pai出chu體ti外wai。食shi品pin中zhong如ru果guo大da腸chang菌jun群qun數shu越yue多duo
，說shuo明ming食shi品pin受shou糞fen便bian汙wu染ran的de程cheng度du越yue大da。故gu以yi大da腸chang菌jun群qun作zuo為wei糞fen便bian汙wu染ran食shi品pin的de衛wei生sheng指zhi標biao來lai評ping價jia食shi品pin的de質zhi量liang，具ju有you廣guang泛fan的de意yi義yi。

致病菌既能夠引起人們發病的細菌。對不同的食品和不同的場合，應該選擇一定的參考菌群進行檢驗。例如：海產品以副溶血性弧菌作為參考菌群
，蛋與蛋製品以沙門氏菌、金黃色葡萄球菌、變形杆菌等作為參考菌群，米

、麵類食品以蠟樣芽孢杆菌
、變形杆菌、黴菌等作為參考菌群
，罐頭食品以耐熱性芽孢菌作為參考菌群等等。

我國還沒有製定出黴菌的具體指標，鑒於有很多黴菌能夠產生毒素，引起疾病
，故應該對產毒黴菌進行檢驗。例如：曲黴屬的黃曲黴、寄生曲黴等
，青酶屬的桔青酶、島青酶等，鐮刀酶屬的串珠鐮刀酶
，禾穀鐮刀酶等等。

微生物指標還應包括病毒
，肝炎病毒
、豬瘟病毒、雞新城疫病毒、馬立克氏病毒、口蹄疫病毒，狂犬病病毒，豬水泡病毒等；另外，從食品檢驗的角度考慮，寄生蟲也被很多學者列為微生物檢驗的指標：如旋毛蟲，囊尾蚴
，住肉孢子蟲
、蛔蟲
，肺吸蟲，弓形體，蟎
，薑片吸蟲，中華分枝睾吸蟲等等 。