菌種衰退的根本原因是有關基因的負突變。如果控製產量的基因發生負突變，則表現為產量下降
；如果控製孢子生成的基因發生負突變

，則產生孢子的能力下降。菌種在移種傳代過程中會發生自發突變。雖然自發突變的幾率很低(一般為10^-6~10^-9)，尤(you)其(qi)是(shi)對(dui)於(yu)某(mou)一(yi)特(te)定(ding)基(ji)因(yin)來(lai)說(shuo)，突(tu)變(bian)頻(pin)率(lv)更(geng)低(di)。但(dan)是(shi)由(you)於(yu)微(wei)生(sheng)物(wu)具(ju)有(you)極(ji)高(gao)的(de)代(dai)謝(xie)繁(fan)殖(zhi)能(neng)力(li)
，隨(sui)著(zhe)傳(chuan)代(dai)次(ci)數(shu)增(zeng)加(jia)
，衰(shuai)退(tui)細(xi)胞(bao)的(de)數(shu)目(mu)就(jiu)會(hui)不(bu)斷(duan)增(zeng)加(jia)
，在(zai)數(shu)量(liang)上(shang)逐(zhu)漸(jian)占(zhan)優(you)勢(shi)，最(zui)終(zhong)成(cheng)為(wei)一(yi)株(zhu)衰(shuai)退(tui)了(le)的(de)菌(jun)株(zhu)。此(ci)外(wai)，菌(jun)種(zhong)衰(shuai)退(tui)還(hai)有(you)以(yi)下(xia)幾(ji)種(zhong)原(yuan)因(yin)：

1、表型延遲造成菌種衰退

表型延遲現象也會造成菌種衰退。如，在誘變育種過程中

，經常會發現某菌株初篩時產量較高，進行複篩時產量卻下降了。

2
、質粒脫落導致菌種衰退

質粒脫落導致菌種衰退的情況在抗生素生產中較多，不少抗生素的合成是受質粒控製的。當菌株細胞由於自發突變或外界條件影響(如高溫)，致使控製產量的質粒脫落或者核內DNA和質粒複製不一致
，即DNA複(fu)製(zhi)速(su)度(du)超(chao)過(guo)質(zhi)粒(li)，經(jing)多(duo)次(ci)傳(chuan)代(dai)後(hou)
，某(mou)些(xie)細(xi)胞(bao)中(zhong)就(jiu)不(bu)具(ju)有(you)對(dui)產(chan)量(liang)起(qi)決(jue)定(ding)作(zuo)用(yong)的(de)質(zhi)粒(li)，這(zhe)類(lei)細(xi)胞(bao)數(shu)量(liang)不(bu)斷(duan)提(ti)高(gao)達(da)到(dao)優(you)勢(shi)
，則(ze)菌(jun)種(zhong)表(biao)現(xian)為(wei)衰(shuai)退(tui)。

3、連續傳代

連續傳代是加速菌種衰退的一個重要原因。一方麵，傳代次數越多，發生自發突變(尤其是負突變)的幾率越高；另一方麵，傳代次數越多，群體中個別的衰退型細胞數量增加並占據優勢越快
，致使群體表型出現衰退。

4、不適宜的培養和保藏條件

不適宜的培養和保藏條件是加速菌種衰退的另一個重要原因。不良的培養條件如營養成分、溫度
、濕度、pH值
、通氣量等和保藏條件如營養、含水量、溫度、氧氣等
，不僅會誘發衰退型細胞的出現
，還會促進衰退細胞迅速繁殖，在數量上大大超過正常細胞
，造成菌種衰退。

采(cai)用(yong)已(yi)衰(shuai)退(tui)菌(jun)種(zhong)進(jin)行(xing)生(sheng)產(chan)會(hui)影(ying)響(xiang)生(sheng)產(chan)效(xiao)率(lv)，而(er)把(ba)已(yi)衰(shuai)退(tui)菌(jun)種(zhong)作(zuo)為(wei)陽(yang)性(xing)菌(jun)株(zhu)進(jin)行(xing)檢(jian)驗(yan)，則(ze)會(hui)影(ying)響(xiang)檢(jian)驗(yan)正(zheng)確(que)率(lv)。既(ji)然(ran)變(bian)異(yi)是(shi)不(bu)可(ke)避(bi)免(mian)的(de)，那(na)麼(me)我(wo)們(men)應(ying)該(gai)如(ru)果(guo)避(bi)免(mian)菌(jun)種(zhong)衰(shuai)退(tui)呢(ne)
？

1、控製傳代次數

盡jin量liang避bi免mian不bu必bi要yao的de移yi種zhong和he傳chuan代dai，把ba必bi要yao的de傳chuan代dai減jian少shao到dao最zui低di的de水shui平ping以yi減jian少shao突tu變bian幾ji率lv。傳chuan代dai次ci數shu越yue多duo，產chan生sheng突tu變bian的de幾ji率lv就jiu越yue大da，菌jun種zhong發fa生sheng衰shuai退tui的de機ji會hui就jiu越yue高gao。在zai實shi驗yan室shi檢jian驗yan或huo者zhe是shi生sheng產chan實shi際ji中zhong，應ying嚴yan格ge控kong製zhi傳chuan代dai次ci數shu。中zhong國guo藥yao典dian當dang中zhong規gui定ding，培pei養yang基ji靈ling敏min度du檢jian查zha所suo用yong的de菌jun株zhu傳chuan代dai次ci數shu不bu得de超chao過guo5代，以防止菌株因傳代次數過多引起衰退影響檢驗。

2
、利用不同類型細胞進行接種傳代

放線菌

，黴菌用菌絲進行移種比分生孢子容易衰退

，因菌絲是對核且有異核存在，所以移種黴菌適宜采用孢子。

3、良好的培養條件

不良的培養條件會衰退細胞的出現，因此采用適宜的培養基進行菌種培養，以減少衰退幾率

4、采用有效的菌種保藏方法

根據保存時間的長短，選擇適宜的保存方法。

• 傳代培養法：複蘇後的第一代放於4℃冰箱或室溫保存，定期傳代培養。保藏時間依微生物種類而定。如，芽孢、黴菌、酵母菌保存6個月轉一次
  ，普通細菌1個月轉一次
  
  ，假單胞菌2周轉一次

• 甘油凍存法：將複活後經過性能確認的菌株新鮮培養物（一般是第二代菌株），用0.85%的滅菌生理鹽水（約1-2ml）洗斜麵菌苔成菌懸液；將上述菌懸液吸取適量於滅菌管（凍存管）中（如，滅菌管容量為5ml，則取1.5ml菌液），加入等體積的40%滅菌甘油
  ，混勻
  ，密封。保藏溫度為―20℃，一般可保存1-2年。

• 瓷珠保存管保存：菌株保藏管內含特製的小珠（20-25顆）和特殊溶液
  ，隻需將培養好的菌株接入溶液中，搖勻成菌懸液，細胞即吸附於小珠上，然後吸出溶液，將保藏管置-70℃可保存5年，置-20℃可保存2-3年。