使用質譜作小分子藥代動力學分析，即PK/MS。除此之外，這些同樣的原則也可用於生物基質中肽和蛋白的定量。
傳統上，在使用現代質譜定量之前，定量是用HPLC高效液相色譜和UV紫外檢測器實現的。HPLC 藥代動力學分析建立在保留時間、峰麵積和紫外光譜性質的基礎上的。HPLC方法的缺點是靈敏度不夠、quefateyixing。womenyijingkandaoyixieshili，yigehuahewudequeyijingdaixiele，ranerbaoliushijianheziwaiguangpushang，mulizihedaixiewuwufaqufen。zhezhongqueshaoteyixingdefenxishibushihuiwudaoyanjiuzhe。suoyizaiyaodaidonglixuefenxizhong，jiyuzhipudebiaozhengxianzaishiyizhongxinxingdezhongyaodegongju。
質譜定量中已經被廣泛接受的方式是MS/MS定量。這種定量常通過三級四極杆或離子阱質譜實現。要求使用MS/MS的原因是：許多化合物有同樣的質量。當使用第一個維度即單級質譜MS去定量時
，也會缺乏特異性，尤其是對於像血液那樣的複雜的基質。第二個維度的MS（即MS/MS）在(zai)大(da)多(duo)數(shu)情(qing)況(kuang)下(xia)，能(neng)夠(gou)提(ti)供(gong)唯(wei)一(yi)的(de)斷(duan)裂(lie)。合(he)並(bing)特(te)異(yi)的(de)母(mu)離(li)子(zi)質(zhi)量(liang)和(he)唯(wei)一(yi)的(de)碎(sui)片(pian)離(li)子(zi)信(xin)息(xi)
，可(ke)以(yi)選(xuan)擇(ze)性(xing)地(di)監(jian)測(ce)被(bei)定(ding)量(liang)的(de)化(hua)合(he)物(wu)。下(xia)麵(mian)我(wo)們(men)將(jiang)討(tao)論(lun)獲(huo)得(de)和(he)可(ke)視(shi)化(hua)LC/MS數據的方法。
獲得和可視化LC/MS的數據，或稱為：質譜數據如何在一個LC/MS實驗中表達？
典型的方法，質譜被設置為掃描特定的質量範圍。在全掃描分析中
，質量掃描範圍較寬；在選擇離子監測SIM時
，質量掃描範圍較窄。依賴於掃描的類型，一個獨立的質量掃描時間可以從10 ms到5秒。在一次LC/MS分析中可獲得許多個掃描。LC/MS數據的表示方法為：把每個質量掃描的離子流信息疊加

，畫出隨時間變化的總離子流，橫軸是時間，縱軸是強度。總離子流圖非常像HPLC的紫外圖，見圖1。

下麵我們將討論各種掃描的模式，和這些模式同質譜定量的關係。
最常見的LC/MS數據模式為：
（1）   總離子流圖
（2）   選擇離子監測（SIM）
（3）   選擇反應監測（SRM）或多反應監測（MRM）：MRM和SRM本質上是同樣的實驗模式。
全掃描分析
從藥代分析中得到的全質量範圍的總離子流圖（TIC）非常像HPLC UV圖，除了：質(zhi)譜(pu)能(neng)檢(jian)測(ce)到(dao)更(geng)多(duo)的(de)化(hua)合(he)物(wu)，尤(you)其(qi)是(shi)沒(mei)有(you)紫(zi)外(wai)吸(xi)收(shou)的(de)化(hua)合(he)物(wu)。總(zong)離(li)子(zi)流(liu)是(shi)一(yi)個(ge)疊(die)加(jia)圖(tu)，疊(die)加(jia)了(le)每(mei)個(ge)質(zhi)量(liang)掃(sao)描(miao)的(de)離(li)子(zi)流(liu)。當(dang)一(yi)個(ge)小(xiao)分(fen)子(zi)或(huo)小(xiao)肽(tai)流(liu)出(chu)HPLC色譜柱時，相對強度上升，在TIC圖上出現了一個峰，橫軸是時間。每個質量的化合物都被記錄在TIC圖tu上shang。找zhao出chu感gan興xing趣qu的de化hua合he物wu可ke能neng是shi困kun難nan的de，因yin為wei許xu多duo化hua合he物wu有you相xiang同tong的de質zhi量liang。化hua合he物wu的de天tian然ran質zhi量liang不bu是shi鑒jian定ding的de唯wei一yi性xing數shu據ju。設she置zhi一yi個ge確que定ding的de質zhi量liang
，可ke以yi畫hua出chu一yi個ge提ti取qu離li子zi流liu圖tu，但dan這zhe個ge圖tu的de強qiang度du會hui比bi下xia麵mian介jie紹shao的deSIM實驗中的強度低。
（注意：TIC指的是在一段時間內采集的質量掃描數據，不特指掃描範圍或質譜實驗的類型。例如，我們可以在SIM或SRM實驗中獲得TIC圖。然而，為簡單起見，我們將把這些圖稱為SIM和SRM圖，而不是SIM TIC圖。）
Selected Ion Monitoring選擇離子監測
在選擇離子監測中
，質譜被設置為掃描一個非常小的質量範圍
，典型的是一個質量數的寬度。選擇的質量寬度越窄，SIM的確定度越高。SIM圖就是從非常窄的質量範圍中得到的離子流圖。隻有被該質量範圍選擇的化合物才會被畫在SIM圖中。圖1和圖2是同一個樣品的譜圖
，然而它們看起來很不相同。原因是在SIM圖中，畫的是TIC圖中較少的組分。SIM圖是比TIC圖更確定的圖。

然而，SIM圖仍顯示了許多峰
，不能唯一地確認我們感興趣的化合物。一個複雜的樣品（比如血清或血漿）中
，這樣的圖是一個典型的SIM圖。許多化合物有同樣的質量
，在ESI中還有多電荷峰也和我們感興趣的化合物有同樣的m/z值。SIM實驗比全掃描實驗更靈敏，因為質譜在一個更小的質量範圍上駐留（dwell）更長的時間。
Selected Reaction Monitoring選擇反應監測 （SRM）
SRM被大多數科學家在質譜定量中使用，見圖3。SRM中，可以監測一個特征的唯一的碎片離子，在很多非常複雜的基質中進行定量。SRM圖非常簡單，通常隻包含一個峰。這種特征性使SRM圖成為靈敏度高且特異性強的理想的定量工具。

SRM的過程：選擇一個特征的母離子做MS/MS，在其碎片中選擇一個特征的子離子作為監測離子。可以把SRM理解為碎片離子的SIM。這種特征性的實驗被成為“transition”（躍遷）。