認證機構作為第三方認證的基本程序一般包括三個階段：認證資料審核受理
、現場審核、糾正措施及跟蹤、認證審核報告、認證後的監督。

    企業根據自己的實際情況，按照規定提出認證申請，填寫《HACCP體係認證申請書》。在zai提ti出chu申shen請qing的de同tong時shi應ying按an認ren證zheng機ji構gou的de要yao求qiu提ti交jiao相xiang關guan資zi料liao。認ren證zheng機ji構gou對dui申shen請qing企qi業ye所suo遞di交jiao的de資zi料liao進jin行xing初chu步bu審shen核he
，決jue定ding是shi否fou受shou理li其qi認ren證zheng申shen請qing。認ren證zheng文wen件jian資zi料liao的de審shen核he簡jian稱cheng文wen審shen。文wen審shen是shi進jin行xing現xian場chang審shen核he的de基ji礎chu。經jing資zi料liao初chu審shen可ke接jie受shou申shen請qing的de
，雙shuang方fang須xu簽qian訂ding認ren證zheng合he同tong，不bu予yu受shou理li認ren證zheng的de，認ren證zheng機ji構gou應ying發fa放fang不bu予yu接jie受shou申shen請qing的de通tong知zhi書shu。
簽訂認證合同後，認證機構組建審核小組，進入資料技術審核階段。文件資料審核主要是對其符合性、係統性、充分性、適宜性
、協調性進行的審核。根據審核情況，決定是否赴企業進行初訪，初步了解企業HACCP體係運作情況，為審核的可靠性收集信息。在文件資料審核、初訪的基礎上
，編製HACCP體係現場審核計劃。

    審核組由組長
、審核員、專業審核員組成
，組內至少配備一名有相關專業能力的成員。  審核組要參加企業的見麵會
，按計劃或方案進行現場審核。通過現場觀察、記錄審查、提問  抽查等方法，應對現場審核提出評審意見，歸結審核證據，溝通審核結果，編寫認證審核報告。

    審核結論包括三種情況：推薦認證通過；推遲認證通過
；不推薦認證通過。
在HACCP的認證過程中，糾正措施一般有現場跟蹤驗證
；對糾正措施的實施記錄追蹤檢查
；對糾正措施實施方案的跟蹤。要求三個月內完成糾正措施。
根據《認證機構實施HACCP質量體係認證的認可基本（試行）》的de規gui定ding，認ren證zheng機ji構gou需xu每mei年nian組zu織zhi全quan部bu體ti係xi進jin行xing一yi次ci複fu評ping，複fu評ping至zhi少shao包bao括kuo一yi次ci文wen件jian審shen查zha和he一yi次ci現xian場chang審shen核he。認ren證zheng機ji構gou可ke對dui獲huo證zheng企qi業ye進jin行xing監jian督du審shen核he，通tong常chang為wei半ban年nian一yi次ci
，監jian督du企qi業ye實shi施shiHACCP體係。

    2001年，按照國務院的授權，認證認可管理職能交給國家認證可監督管理委員會承擔，HACCP體係認證工作實行了依法管理。2002年5月，我國強製性要求六類產品生產出口企業，即生產水產品、肉及肉製品
、速凍蔬菜
、果蔬汁、含肉及水產品的速凍食品
、罐頭產品的企業實施HACCP體係


，這一要求標誌著我國在食品企業應用HACCP體係進入了強製性實施階段。