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根據田間實際狀況對含硫高的土壤和鏽水田，不宜施用生物菌肥，因為硫能殺死生物菌。
根據土壤墒情施用。菌肥的最佳溫度是25℃~27℃，低於5℃、高於45℃，施用效果較差。同時還應掌握固氮菌適宜的土壤濕度為60%左右，即見幹見濕的土壤濕度最為適宜。
不能和其他農藥混用。為防止活菌致死注意千萬不要與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫化肥，如硫酸鉀等以及稻草灰混合用，因為這些藥、肥很容易殺死生物菌。在施用時，若施菌肥與防病蟲、除草相矛盾時，可先施菌肥，隔48小(xiao)時(shi)後(hou)，再(zai)打(da)藥(yao)除(chu)草(cao)。若(ruo)拌(ban)種(zhong)，切(qie)忌(ji)和(he)已(yi)拌(ban)好(hao)殺(sha)菌(jun)劑(ji)的(de)種(zhong)子(zi)混(hun)合(he)使(shi)用(yong)。同(tong)時(shi)還(hai)應(ying)防(fang)止(zhi)與(yu)未(wei)腐(fu)熟(shu)的(de)農(nong)家(jia)肥(fei)混(hun)用(yong)，因(yin)為(wei)農(nong)家(jia)肥(fei)在(zai)腐(fu)熟(shu)的(de)過(guo)程(cheng)中(zhong)會(hui)發(fa)酵(jiao)，這(zhe)樣(yang)會(hui)直(zhi)接(jie)殺(sha)死(si)生(sheng)物(wu)菌(jun)。
與(yu)化(hua)肥(fei)混(hun)用(yong)要(yao)注(zhu)意(yi)化(hua)肥(fei)用(yong)量(liang)不(bu)能(neng)過(guo)大(da)。高(gao)濃(nong)度(du)的(de)化(hua)學(xue)物(wu)質(zhi)對(dui)菌(jun)肥(fei)裏(li)的(de)微(wei)生(sheng)物(wu)有(you)毒(du)害(hai)作(zuo)用(yong)，尤(you)其(qi)注(zhu)意(yi)不(bu)能(neng)與(yu)碳(tan)酸(suan)氫(qing)銨(an)等(deng)堿(jian)性(xing)肥(fei)料(liao)和(he)硝(xiao)酸(suan)鈉(na)等(deng)生(sheng)理(li)堿(jian)性(xing)肥(fei)料(liao)混(hun)用(yong)。
因(yin)量(liang)製(zhi)宜(yi)。對(dui)於(yu)多(duo)年(nian)來(lai)用(yong)化(hua)肥(fei)的(de)田(tian)塊(kuai)施(shi)用(yong)了(le)生(sheng)物(wu)菌(jun)肥(fei)不(bu)能(neng)大(da)量(liang)減(jian)施(shi)化(hua)肥(fei)和(he)有(you)機(ji)肥(fei)，因(yin)農(nong)作(zuo)物(wu)對(dui)化(hua)肥(fei)產(chan)生(sheng)了(le)依(yi)賴(lai)性(xing)，用(yong)生(sheng)物(wu)菌(jun)肥(fei)取(qu)代(dai)氮(dan)肥(fei)不(bu)能(neng)一(yi)下(xia)子(zi)適(shi)應(ying)，因(yin)此(ci)，其(qi)取(qu)代(dai)理(li)應(ying)做(zuo)到(dao)第(di)一(yi)、二、三年分別取代30%、40%和60%。磷、鉀肥隻能補足，不能減少。
因時製宜。生物菌肥不是速效肥，所以，要在作物的營養臨界期和大量吸收期前7~10天施用效果最佳。
不(bu)同(tong)種(zhong)類(lei)的(de)菌(jun)肥(fei)也(ye)不(bu)宜(yi)混(hun)用(yong)。目(mu)前(qian)，市(shi)場(chang)上(shang)的(de)菌(jun)肥(fei)種(zhong)類(lei)很(hen)多(duo)，其(qi)所(suo)含(han)的(de)活(huo)性(xing)菌(jun)不(bu)同(tong)，它(ta)們(men)之(zhi)間(jian)是(shi)否(fou)有(you)相(xiang)互(hu)抵(di)製(zhi)作(zuo)用(yong)還(hai)不(bu)是(shi)很(hen)清(qing)楚(chu)，若(ruo)相(xiang)互(hu)抵(di)製(zhi)，則(ze)會(hui)降(jiang)低(di)肥(fei)效(xiao)。
