多duo序xu列lie比bi對dui在zai分fen子zi生sheng物wu學xue中zhong是shi一yi個ge基ji本ben方fang法fa，用yong來lai發fa現xian特te征zheng序xu列lie，進jin行xing蛋dan白bai分fen類lei，證zheng明ming序xu列lie間jian的de同tong源yuan性xing，幫bang助zhu預yu測ce新xin序xu列lie二er級ji結jie構gou與yu三san級ji結jie構gou，確que定dingPCR 引物，以及在分子進化分析方麵均有很大幫助，Clustal W(Dos版本)很適合這些方麵的要求
，Clustal X是window版本。

用Clustalbiduihoudexulie，youshihouwomenxuyaozhuanweitupianfangzaiwenzhangzuoxiangxifangxi
，dandabufenrendefangfadoushizhijiejietu
，zheyangdehouguojiushitupianyidiandoubumeiguan。ruguonishixiangyaofabiaowenzhanghuoqitabijiaozhongyaodeyongtu，tupiandezhilianghaishixuyaogaoyidiande。

今天教大家如何把ClustalX的結果轉為漂亮的圖片的方法，你可以根據需要設置每一行顯示的字母數，是黑白的還是彩色的，夠酷吧。先來看個效果圖吧。

這裏需要用到兩個軟件 
，一個是Clustal X
，這個就不用說了。這時相信你已經有了clusalX序列比對後的結果
，有兩個文件，一個是.aln文件，存放多序列比對的結果。一個是.dnd文件，根據需要，可以轉為係統發育樹圖，這個就不在今天的教程內了

，有需要以後可以講，-:)。

現在重點講另一個軟件 ，DnaMan。DNAMAN美國Lynnon Biosoft公司開發的高度集成化的分子生物學應用軟件，幾乎可完成所有日常核酸和蛋白質序列分析工作
，包換多重序列對齊
、PCR引物設計、限製性酶切分析、蛋白質分析
、質粒繪圖等。可往這裏下載：

http://www.pharmnet.com.cn/conf/rjsj /action.cgi?f=page_1_&t=page_1_&id=98227

1
，打開DnaMan,依次打開“文件/打開指定的/多重比對”，載入Clustal X比對後的.aln文件

2
，點擊options，參數設置
，在這裏，你可以設置每行顯示的序列
，是否顯示一致序列
，彩色或黑白等。

3
，點擊Output,shuchuweituxingwenjian，zheyangzijiudagonggaochengle，ruguohaibumanyi
，keyizaicanshushezhijinxingweitiao，zhidaonimanyiweizhi。zhelixuyaozhuyi，meicishuchutupiandouyaomingmingweibutongdewenjianming，haoxiangbuhuifugai
，zhegebijiaoqiguai。shensebufenbiaoshiwanquanpipeidejianji

，qianseweibufenpipei。