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圖像分析儀主要包括輸入（input）、中央信息處理機（central processor）和輸出（output）三大部分。實際上，工作程序並不是一成不變的，後麵的步驟的信息常會反饋到前麵，於是又重複前麵的程序，具體步驟如下：
1．標本成像 移動標本使需要觀察的部位在電視攝像機上得到適當放大的圖像，標本包括組織切片或電鏡照片或照相底片等。
2．圖像獲取 用(yong)電(dian)視(shi)攝(she)像(xiang)機(ji)或(huo)其(qi)他(ta)方(fang)法(fa)將(jiang)圖(tu)像(xiang)轉(zhuan)變(bian)為(wei)電(dian)信(xin)號(hao)，在(zai)此(ci)過(guo)程(cheng)中(zhong)，攝(she)像(xiang)機(ji)的(de)性(xing)能(neng)極(ji)重(zhong)要(yao)，不(bu)能(neng)使(shi)用(yong)那(na)些(xie)便(bian)宜(yi)的(de)適(shi)用(yong)於(yu)監(jian)視(shi)的(de)電(dian)視(shi)攝(she)像(xiang)機(ji)，一(yi)定(ding)要(yao)用(yong)使(shi)圖(tu)像(xiang)具(ju)有(you)很(hen)好(hao)的(de)清(qing)晰(xi)度(du)的(de)攝(she)像(xiang)機(ji)。
3．加強圖像 加強電子圖像（electronic image）使其更適合於分析。
4．檢測檢測（detection ）是圖像分析過程中設法從圖像中確定並且分離出需要分析灰度相的步驟，“相（phase）”shituxiangzhongwomenxiangyaoceliangdebufendezongcheng。jianceshitongguoxuanzeyidingdeyuzhilaiwanchengde，ruguosuoxuxiangbibeijingan，namesuoyouanyuxiaxiandedongxidoubeixuan，liruxiangdehuidushi20～50，20是下限，50是上限，背景的灰度小於20，檢定時暗於灰度20的(de)東(dong)西(xi)都(dou)被(bei)選(xuan)。如(ru)果(guo)所(suo)需(xu)相(xiang)比(bi)背(bei)景(jing)亮(liang)，如(ru)免(mian)疫(yi)熒(ying)光(guang)細(xi)胞(bao)化(hua)學(xue)技(ji)術(shu)的(de)標(biao)本(ben)，那(na)麼(me)亮(liang)於(yu)上(shang)限(xian)的(de)東(dong)西(xi)都(dou)被(bei)選(xuan)。如(ru)果(guo)所(suo)需(xu)相(xiang)比(bi)背(bei)景(jing)亮(liang)，如(ru)免(mian)疫(yi)熒(ying)光(guang)化(hua)學(xue)技(ji)術(shu)的(de)標(biao)本(ben)，那(na)麼(me)亮(liang)於(yu)上(shang)限(xian)的(de)東(dong)西(xi)都(dou)被(bei)選(xuan)，例(li)如(ru)相(xiang)的(de)灰(hui)度(du)是(shi)5～20，5是下限，20是上限，背景灰度大於20，所謂上限既指比灰度20淺的亦即灰度20以(yi)下(xia)的(de)相(xiang)被(bei)選(xuan)，而(er)背(bei)景(jing)是(shi)暗(an)於(yu)上(shang)限(xian)的(de)，不(bu)被(bei)選(xuan)作(zuo)測(ce)量(liang)。如(ru)果(guo)相(xiang)暗(an)於(yu)圖(tu)像(xiang)某(mou)些(xie)部(bu)分(fen)而(er)又(you)亮(liang)於(yu)圖(tu)像(xiang)的(de)另(ling)一(yi)些(xie)部(bu)分(fen)，那(na)就(jiu)要(yao)在(zai)二(er)限(xian)之(zhi)間(jian)的(de)部(bu)分(fen)選(xuan)擇(ze)灰(hui)度(du)了(le)。
在檢測過程中要使用圖像框（image frame）和測量框（measurement frame）。檢測隻在圖像框內進行，框的大小按需要而定，測量框在圖像之內，是進行測量的部位。兩個框之間的部分稱為保險區。
圖像中每個被測物都有其特有的特征計算點（feature count point, FCP）,FCP在(zai)被(bei)測(ce)物(wu)的(de)最(zui)底(di)點(dian)。這(zhe)樣(yang)當(dang)換(huan)到(dao)相(xiang)鄰(lin)的(de)區(qu)域(yu)進(jin)行(xing)測(ce)量(liang)時(shi)，不(bu)會(hui)使(shi)某(mou)圖(tu)形(xing)重(zhong)複(fu)測(ce)量(liang)，可(ke)避(bi)免(mian)測(ce)量(liang)誤(wu)差(cha)，放(fang)置(zhi)標(biao)本(ben)的(de)顯(xian)微(wei)鏡(jing)載(zai)物(wu)台(tai)的(de)移(yi)動(dong)方(fang)式(shi)，可(ke)由(you)計(ji)算(suan)機(ji)控(kong)製(zhi)，用(yong)編(bian)製(zhi)好(hao)的(de)程(cheng)序(xu)，使(shi)載(zai)物(wu)台(tai)按(an)一(yi)定(ding)方(fang)式(shi)移(yi)動(dong)，也(ye)可(ke)以(yi)人(ren)工(gong)操(cao)作(zuo)。圖(tu)中(zhong)可(ke)以(yi)看(kan)出(chu)每(mei)個(ge)部(bu)位(wei)都(dou)將(jiang)通(tong)過(guo)測(ce)量(liang)框(kuang)，不(bu)會(hui)遺(yi)漏(lou)。
5．陰影校正校正圖像細節 直到正確無誤並達到能被測量的要求。所謂陰影（shading）是shi指zhi人ren眼yan看kan來lai是shi均jun勻yun的de視shi場chang內nei存cun在zai著zhe不bu均jun勻yun的de電dian子zi反fan應ying，這zhe使shi得de灰hui度du相xiang同tong的de圖tu像xiang成cheng分fen由you於yu在zai視shi場chang中zhong所suo處chu位wei置zhi不bu同tong而er顯xian示shi出chu不bu同tong的de灰hui度du，這zhe種zhong影ying響xiang必bi須xu校xiao正zheng才cai能neng使shi圖tu像xiang得de到dao準zhun確que測ce量liang。陰yin影ying有you三san個ge主zhu要yao的de來lai源yuan：
（1）圖像源的不均勻的光照。
（2）穿過透鏡時光路發生變化引起的透鏡陰影。
（3）顯像管本身的圖像靈敏度差異引起的掃描陰影。
任ren何he圖tu像xiang分fen析xi在zai具ju體ti運yun用yong中zhong都dou有you這zhe些xie陰yin影ying存cun在zai，前qian二er者zhe可ke通tong過guo精jing密mi安an裝zhuang圖tu像xiang分fen析xi儀yi來lai控kong製zhi，後hou者zhe可ke通tong過guo對dui顯xian像xiang管guan的de質zhi量liang嚴yan格ge篩shai選xuan來lai減jian少shao影ying響xiang。陰yin影ying可ke貯zhu存cun起qi來lai，並bing且qie在zai每mei上shang次ci掃sao描miao時shi同tong步bu地di從cong圖tu像xiang信xin號hao中zhong去qu掉diao。
6．測量經以上各步驟後，可以用圖像分析儀的計算機對圖像進行測量來取得所需的參數，如灰度、麵積、長度、個數等。原始的參數可由計算機轉化成容易理解的數值，例如麵積可由某圖形所占像素數轉化為平方微米，使觀察者容易理解。
7．資料分析 將資料進行分類，並加以說明，以便做出結論。也可將資料貯存，隨意可提取出來，供研究者使用。
8．其他事項
（1）標本要清潔：如(ru)果(guo)標(biao)本(ben)上(shang)有(you)汙(wu)點(dian)，研(yan)究(jiu)者(zhe)可(ke)分(fen)辨(bian)哪(na)些(xie)是(shi)正(zheng)常(chang)的(de)免(mian)疫(yi)反(fan)應(ying)產(chan)物(wu)，哪(na)些(xie)是(shi)汙(wu)染(ran)引(yin)起(qi)的(de)，但(dan)儀(yi)器(qi)不(bu)會(hui)區(qu)別(bie)，隻(zhi)要(yao)是(shi)電(dian)視(shi)屏(ping)幕(mu)上(shang)測(ce)量(liang)框(kuang)內(nei)有(you)的(de)東(dong)西(xi)都(dou)會(hui)被(bei)測(ce)量(liang)，如(ru)測(ce)灰(hui)度(du)時(shi)切(qie)片(pian)上(shang)有(you)汙(wu)點(dian)，會(hui)影(ying)響(xiang)結(jie)果(guo)。
（2）電壓要穩定：這一點是結合我國目前情況而言，雖然儀器使用時是通過穩壓器的，也要經常注意穩壓器上的電壓指針是否穩定，否則也影響結果。
（3）價格問題：圖像分析儀廣泛應用於工業、農業、yixuedenglingyu，yincibingbushijiageyuguijiuyuhao，eryaokanwomendeyingyongmudejiqixingneng，yimiangouzhiyixieyongbuzhedeangguidefujianerzaochenglangfei。yibankeyicongyixiasanfangmianlaikaochayiqixingneng：在本專業範圍內應用的廣度、運算的速度和操作的方便程度。
