注意DNA酶汙染的儀器可能會降解DNA，造成條帶信號弱、模糊甚至缺失的現象。

2.電泳方法

一般的核酸檢測隻需要瓊脂糖凝膠電泳就可以
；如果需要分辨率高的電泳，特別是隻有幾個bp的差別應該選擇聚丙烯酰胺凝膠電泳
；用普通電泳不合適的巨大DNA鏈應該使用脈衝凝膠電泳。注意巨大的DNA鏈用普通電泳可能跑不出膠孔導致缺帶。

3.凝膠濃度

對於瓊脂糖凝膠電泳
，濃度通常在0.5～2%之zhi間jian，低di濃nong度du的de用yong來lai進jin行xing大da片pian段duan核he酸suan的de電dian泳yong，高gao濃nong度du的de用yong來lai進jin行xing小xiao片pian段duan分fen析xi。低di濃nong度du膠jiao易yi碎sui，小xiao心xin操cao作zuo和he使shi用yong質zhi量liang好hao的de瓊qiong脂zhi糖tang是shi解jie決jue辦ban法fa。注zhu意yi高gao濃nong度du的de膠jiao可ke能neng使shi分fen子zi大da小xiao相xiang近jin的deDNA帶不易分辨，造成條帶缺失現象。

4.緩衝液

常用的緩衝液有TAE和TBE
，而TBE比TAE有著更好的緩衝能力。電泳時使用新製的緩衝液可以明顯提高電泳效果。注意電泳緩衝液多次使用後，離子強度降低
，pH值上升

，緩衝性能下降，可能使DNA電泳產生條帶模糊和不規則的DNA帶遷移的現象。

5.電壓和溫度 

電泳時電場強度不應該超過20V/cm，電泳溫度應該低於30℃
，對於巨大的DNA電泳，溫度應該低於15℃。注意如果電泳時電壓和溫度過高，可能導致出現條帶模糊和不規則的DNA帶遷移的現象。特別是電壓太大可能導致小片段跑出膠而出現缺帶現象

6.DNA樣品的純度和狀態

注(zhu)意(yi)樣(yang)品(pin)中(zhong)含(han)鹽(yan)量(liang)太(tai)高(gao)和(he)含(han)雜(za)質(zhi)蛋(dan)白(bai)均(jun)可(ke)以(yi)產(chan)生(sheng)條(tiao)帶(dai)模(mo)糊(hu)和(he)條(tiao)帶(dai)缺(que)失(shi)的(de)現(xian)象(xiang)。乙(yi)醇(chun)沉(chen)澱(dian)可(ke)以(yi)去(qu)除(chu)多(duo)餘(yu)的(de)鹽(yan)，用(yong)酚(fen)可(ke)以(yi)去(qu)除(chu)蛋(dan)白(bai)。注(zhu)意(yi)變(bian)性(xing)的(de)DNA樣品可能導致條帶模糊和缺失，也可能出現不規則的DNA條帶遷移。在上樣前不要對DNA樣品加熱，用20mM NaCl緩衝液稀釋可以防止DNA變性。

7.DNA的上樣 

正確的DNA上樣量是條帶清晰的保證。注意太多的DNA上樣量可能導致DNA帶型模糊，而太小的DNA上樣量則導致帶信號弱甚至缺失。

8.Marker的選擇

DNA電泳一定要使用DNA Marker或已知大小的正對照DNA來估計DNA pian段大小。Marker應該選擇在目標片段大小附近ladder較密的，這樣對目標片段大小的估計才比較準確。需要注意的是Marker的電泳同樣也要符合DNA電泳的操作標準。如果選擇λDNA/HindIII或者λDNA/EcoRI的酶切Marker，需要預先65℃加熱5min，冰上冷卻後使用。從而避免HindIII或EcoRI酶切造成的粘性接頭導致的片段連接不規則或條帶信號弱等現象。

9.凝膠的染色和觀察 

實驗室常用的核酸染色劑是溴化乙錠（EB），染(ran)色(se)效(xiao)果(guo)好(hao)，操(cao)作(zuo)方(fang)便(bian)
，但(dan)是(shi)穩(wen)定(ding)性(xing)差(cha)
，具(ju)有(you)毒(du)性(xing)。注(zhu)意(yi)觀(guan)察(cha)凝(ning)膠(jiao)時(shi)應(ying)根(gen)據(ju)染(ran)料(liao)不(bu)同(tong)使(shi)用(yong)合(he)適(shi)的(de)光(guang)源(yuan)和(he)激(ji)發(fa)波(bo)長(chang)，如(ru)果(guo)激(ji)發(fa)波(bo)長(chang)不(bu)對(dui)，條(tiao)帶(dai)則(ze)不(bu)易(yi)觀(guan)察(cha)，出(chu)現(xian)條(tiao)帶(dai)模(mo)糊(hu)的(de)現(xian)象(xiang)。