用於分離核酸的瓊脂糖凝膠電泳可分為垂直型及水平型（平板型）。水平型電泳時

，凝膠板浸泡在電極緩衝液下1-2mm
，故(gu)又(you)稱(cheng)為(wei)潛(qian)水(shui)式(shi)。目(mu)前(qian)更(geng)多(duo)用(yong)的(de)是(shi)後(hou)者(zhe)，因(yin)為(wei)它(ta)製(zhi)膠(jiao)和(he)加(jia)樣(yang)比(bi)較(jiao)方(fang)便(bian)
，電(dian)泳(yong)槽(cao)簡(jian)單(dan)，易(yi)於(yu)製(zhi)作(zuo)，又(you)可(ke)以(yi)根(gen)據(ju)需(xu)要(yao)製(zhi)備(bei)不(bu)同(tong)規(gui)格(ge)的(de)凝(ning)膠(jiao)板(ban)，節(jie)約(yue)凝(ning)膠(jiao)，因(yin)而(er)較(jiao)受(shou)歡(huan)迎(ying)。

② 緩衝液係統 

缺少離子時
，電流太小，DNA遷移慢；相反，高離子強度的緩衝液由於電流太大會大量產熱，嚴重時，會造成膠熔化和DNA的變性。

常用的電泳緩衝液有EDTA（pH8.0）和Tris-乙酸（TEA），Tris-硼酸（TBE）或Tris-磷酸（TPE）等，濃度約為50mmol/L(pH7.5~7.8)。電泳緩衝液一般都配製成濃的貯備液，臨用時稀釋到所需倍數。

TAE緩衝能力較低，後兩者有足夠高的緩衝能力，因此更常用。TBE濃溶液長期貯存會出現沉澱，為避免此缺點

，室溫下貯存5×溶液，用時稀釋10倍0.5×工作溶液即能提供足夠緩衝能力。

③ 凝膠的製備

以稀釋的電極緩衝液為溶劑


，用沸水浴或微波爐配製一定濃度的溶膠，灌入水平膠框或垂直膠膜，插入梳子，自然冷卻。

④ 樣品配製與加樣

DNA樣品用適量Tris-EDTA緩衝液溶解
，緩衝液內含有0.25％溴酚藍或其他指示染料，含有10％-15％蔗糖或5％~10％甘油
，以增加其比重
，使樣品集中。為避免蔗糖或甘油可能使電泳結果產生U形條帶，可改用2.5％Ficoll（聚蔗糖）代替蔗糖或甘油。

⑤ 電泳

瓊脂糖凝膠分離大分子DNA實驗條件的研究結果表明，在低濃度、低電壓下，分離效果較好。在低電壓條件下，線性DNA分子的電泳遷移率與所用的電壓呈正比。但是，在電場強度增加時，較大的DNA段遷移率的增加相對較小。因此隨著電壓的增高

，電泳分辨率反而下降，為了獲得電泳分離DNA段的zui大分辨率，電場強度不宜高於5V/cm。

電泳係統的溫度對於DNA在瓊脂糖凝膠中的電泳行為沒有顯著的影響。通常在室溫下進行電泳
，隻有當凝膠濃度低於0.5％時，為增加凝膠硬度，可在4℃進行電泳。

⑥ 染色和拍照

常用熒光染料溴乙錠（EB）染色
，在紫外光下觀察DNA條帶，用紫外分析儀拍照

，或用凝膠成像係統輸出照片，並進行有關的數據分析。