每一種食用自在不同地區常有不同的名稱，有的是同菌異名
，如同為一種側耳，在不同地區．就有凍菌
、平菇、北風菌、蛇菌、平蘑或平茸等不同名稱，很不統一。有的是同名異菌
，如同稱為"冬菇"的，有的地區是指香菇
，有的地區卻是指毛柄金錢菌。所以當地通用的俗名
；雖然描述性強
，通俗易懂，但局限性大，容易混亂
，也不便於科技交流。為了統一名稱

，國際上一致采用瑞典學者林奈所創造的"雙名法"，作為動植物
、微wei生sheng物wu包bao括kuo食shi用yong菌jun的de命ming名ming方fang法fa。用yong雙shuang名ming法fa定ding出chu某mou一yi種zhong食shi用yong菌jun的de名ming稱cheng，就jiu是shi某mou一yi種zhong食shi用yong菌jun的de學xue名ming。每mei一yi種zhong食shi用yong菌jun的de學xue名ming，由you兩liang個ge拉la丁ding詞ci組zu成cheng，第di一yi個ge是shi屬shu名ming，用yong拉la丁ding文wen的de名ming詞ci；第(di)二(er)個(ge)是(shi)種(zhong)名(ming)，用(yong)拉(la)丁(ding)文(wen)的(de)形(xing)容(rong)詞(ci)。屬(shu)名(ming)的(de)第(di)一(yi)個(ge)字(zi)母(mu)藥(yao)用(yong)大(da)寫(xie)，種(zhong)名(ming)則(ze)一(yi)律(lv)用(yong)小(xiao)寫(xie)。完(wan)整(zheng)的(de)學(xue)名(ming)，末(mo)尾(wei)還(hai)附(fu)有(you)命(ming)名(ming)人(ren)姓(xing)名(ming)的(de)縮(suo)寫(xie)
，命(ming)名(ming)人(ren)的(de)姓(xing)，一(yi)律(lv)用(yong)正(zheng)體(ti)字(zi)。印(yin)刷(shua)時(shi)學(xue)名(ming)用(yong)斜(xie)體(ti)字(zi)，書(shu)寫(xie)學(xue)名(ming)時(shi)在(zai)下(xia)麵(mian)加(jia)一(yi)橫(heng)線(xian)。如(ru)雙(shuang)孢(bao)蘑(mo)菇(gu)的(de)學(xue)名(ming)Agaricus bisporus(Lange)Sing。其中Agaricus是蘑菇屬屬名，bisporus是(shi)種(zhong)名(ming)，表(biao)示(shi)該(gai)蘑(mo)菇(gu)的(de)擔(dan)子(zi)梗(geng)上(shang)長(chang)兩(liang)個(ge)孢(bao)子(zi)
，所(suo)以(yi)種(zhong)名(ming)叫(jiao)雙(shuang)孢(bao)蘑(mo)菇(gu)。括(kuo)號(hao)內(nei)的(de)認(ren)識(shi)最(zui)初(chu)給(gei)這(zhe)個(ge)菌(jun)命(ming)名(ming)的(de)人(ren)

，而(er)括(kuo)號(hao)後(hou)的(de)是(shi)修(xiu)改(gai)前(qian)人(ren)名(ming)的(de)人(ren)。如(ru)果(guo)命(ming)名(ming)的(de)人(ren)是(shi)兩(liang)個(ge)，則(ze)兩(liang)人(ren)的(de)名(ming)用(yong)聯(lian)接(jie)詞(ci)et相連一起列出。幾種人工栽培食用菌的學名如表4。
表4 幾種人工栽培食用菌的名稱 

食用菌在分類學上的地位，也是按生物分類係統上通用的單位，即門
、綱
、目
、科
、屬、種。有時還有亞綱、亞目亞科的單位。茲以香菇和銀耳為例說明如下：

  門：真菌門            門：真菌門

  綱：擔子苗綱           綱：擔子菌綱

  亞綱：同隔擔子菌亞綱    亞綱：異隔擔子菌亞綱

  目：傘菌目             目：銀耳目

  科：白蘑科             科：銀耳科

  屬：香菇屬             屬：銀耳屬

  種：香菇               種：銀耳