水稻穗頸瘟在大田中一旦發現病株，且如果當地雨日較多，則控製的難度較大。對該病應提前預防，一旦感病，防治措施如下：

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、選用抗病品種。不同的水稻品種對穗頸瘟的抗性有明顯差異，如果大麵積種植感病品種，將導致病害流行。

2、種子消毒處理。稻瘟病菌可在稻穀上越冬，因此種子消毒要徹底。可用1%石灰水浸種1-2天，石灰水層要高出種子15厘米左右，加蓋靜置
，撈起後用清水洗2-3次。也可用2%福爾馬林浸種20-30分鍾，取出後用薄膜覆蓋悶種3小時。

3、加強水肥管理。適時放水烤田，中後期采取淺水勤灌、幹幹濕濕的水漿管理。實行氮
、磷、鉀合理配方施肥，避免偏施
、重施氮肥造成水稻貪青晚熟，加重穗頸瘟的發生。

4、防治方法。穗頸瘟流行時，可在始穗和齊穗期間，每畝各用20%三環唑可濕性粉劑100克或40%克瘟散或富士1號75-100克對水噴霧；在多雨霧地區，在晚稻灌漿期還要施藥1次。