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防治真菌病 由暗色孢科黴菌（Dematiaceae）引起的斑點叉尾鯝真菌病，造成內髒粘連與腹膜炎。類似瓶黴（Phialophora）的真菌引起的腦足分支菌病，大麻哈魚土生線擔孢菌（Scolecobasidium humicola）病，草莖點黴（Phoma herbarum）感染的鮭魚真菌病，由霍弗魚黴（Ichthyosporidium）引起的川鰈、鱒及牙鱈真菌病。
上述疾病目前尚無有效的治療辦法，據報道可用2-苯氧基乙醇（phenoxethol）治療。但僅認為在該病的早期有效。
鰓黴病 由血鰓黴（B.Sanguinis）和穿移鰓黴（B.demigrans）感染引起魚鰓毛細血管擴張和血管壞死。魚感染兩天後即可發生死亡，魚群發病率可高達50%。防治辦法，主要通過嚴格的衛生製度對發病魚壙可用幹壙施生石灰來消滅病菌。用量為每平方米用生石灰300克。
三毛金藻引起的魚病 小三毛金藻（Prymnesium parvum）是生長於半鹹水中的一種植鞭毛蟲，因具有細胞外毒素，曾在以色列及其他一些國家中造成魚類的大量死亡（Sarig,1971）。三毛金藻可用氨化合物進行殺滅。方法是噴霧氨水於水池表麵，使池水中氨的濃度達到每升水10毫克的水平。
