根據所使用的技術不同，實時熒光定量PCR可以分為：熒光探針和熒光染料兩種方法。
現將其原理簡述如下：
1. TaqMan熒光探針
TaqMan探針法是高度特異的定量PCR技術，其核心是利用Taq酶的3'→5'外切核酸酶活性，切斷探針
，產生熒光信號。PCR擴(kuo)增(zeng)時(shi)在(zai)加(jia)入(ru)一(yi)對(dui)引(yin)物(wu)的(de)同(tong)時(shi)加(jia)入(ru)一(yi)個(ge)特(te)異(yi)性(xing)的(de)熒(ying)光(guang)探(tan)針(zhen)
，該(gai)探(tan)針(zhen)為(wei)一(yi)寡(gua)核(he)苷(gan)酸(suan)
，兩(liang)端(duan)分(fen)別(bie)標(biao)記(ji)一(yi)個(ge)報(bao)告(gao)熒(ying)光(guang)基(ji)團(tuan)和(he)一(yi)個(ge)淬(cui)滅(mie)熒(ying)光(guang)基(ji)團(tuan)。探(tan)針(zhen)完(wan)整(zheng)時(shi)
，報(bao)告(gao)基(ji)團(tuan)發(fa)射(she)的(de)熒(ying)光(guang)信(xin)號(hao)被(bei)淬(cui)滅(mie)基(ji)團(tuan)吸(xi)收(shou)；PCR擴增時


，Taq酶的3'→5'外切酶活性將探針酶切降解

，使報告熒光基團和淬滅熒光基團分離，從而熒光監測係統可接收到熒光信號，即每擴增一條DNA鏈

，就有一個熒光分子形成，實現了熒光信號的累積與PCR產物形成wan全同步。而新型TaqMan-MGB探針使該技術既可進行基因定量分析
，又可分析基因突變（SNP），有望成為基因診斷和個體化用藥分析的shou選技術平台
2. SYBR熒光染料
在PCR反應體係中，加入過量SYBR熒光染料，SYBR熒光染料非特異性地摻入DNA雙鏈後
，發射熒光信號，而不摻入鏈中的SYBR染料分子不會發射任何熒光信號，從而保證熒光信號的增加與PCR產物的增加wan全同步。SYBR僅與雙鏈DNA進行結合，因此可以通過溶解曲線
，確定PCR反應是否特異。SYBR熒光染料法定量PCR的基本過程是：
① 開始反應，當SYBR染料與DNA雙鏈結合時發出熒光；
② DNA變性時，SYBR染料釋放出來，熒光急劇減少；
③ 在聚合延伸過程中，引物退火並形成PCR引物
；
④ 聚合完成後，SYBR染料與雙鏈產物結合
，定量PCR係統檢測到熒光的淨增量加大。
實時熒光定量PCR技術根據化學原理可以分為探針類和非探針類。探針類實時熒光定量PCR技術主要是利用與靶序列特異雜交的探針來指示擴增產物的增加；非探針類實時熒光定量PCR技術主要通過熒光染料來指示產物的增加。無論是探針類實時熒光定量PCR技術還是非探針類實時熒光定量PCR技術，檢測的都是擴增產物的增加量。但探針類實時熒光定量PCR技術增加了識別探針的具體的流程，操作的難度較大。