瓊脂糖凝膠電泳的分析原理與其他支持物電泳主要區別是：它兼有“分子篩”和“電泳”的雙重作用。 

qiongzhitangningjiaojuyouwangluojiegou
，wuzhifenzitongguoshihuishoudaozuli，dafenziwuzhizaiyongdongshishoudaodezulida，yincizainingjiaodianyongzhong，daidiankelidefenlibujinqujueyujingdianhedexingzhiheshuliang，erqiehaiqujueyufenzidaxiao
，zhejiudadatigaolefenbiannengli。danyouyuqikongjingxiangbiyudanbaizhitaida，duidaduoshudanbaizhilaishuoqifenzishaixiaoyingweibuzudao，xianguangfanyingyongyuhesuandeyanjiuzhong。

蛋白質和核酸會根據pH不同帶有不同電荷
，在電場中受力大小不同
，因此跑的速度不同，根據這個原理可將其分開。電泳緩衝液的pH在6~9之間
，離子強度0.02~0.05為適。常用1%的瓊脂糖作為電泳支持物。瓊脂糖凝膠約可區分相差100bp的DNA 片段
，其分辨率雖比聚丙烯酰胺凝膠低
，但它製備容易，分離範圍廣。普通瓊脂糖凝膠分離DNA的範圍為0.2-20kb，利用脈衝電泳，可分離高達10⁷bp的DNA 片段。 

DNA分子在瓊脂糖凝膠中泳動時有電荷效應和分子篩效應。DNA分子在高於等電點的pH溶液中帶負電荷
，在電場中向正極移動。由於糖-磷酸骨架在結構上的重複性質，相同數量的雙鏈DNA幾乎具有等量的淨電荷，因此它們能以同樣的速率向正極方向移動。