1. 酸堿反應：細菌代謝碳水化合物，一般產生酸性物質；分解蛋白質或氨基酸，則產生堿性物質
，根據不同細菌的理化性質不同，測定細菌的分解底物導致PH值變化而產生的不同顏色，來判斷菌種。

2. 酶譜分析：根據細菌生長產生酶的特性，在測定底物中加入基質。使其與細菌生長過程中的酶結合成熒光物質，可以在較短的時間判定菌種。

3. 高壓液相色譜分析：用氣相色譜檢測細菌在液體培養基中的代謝產物（揮發和非揮發脂肪酸），結果與數據庫數據比較後
，得出鑒定結果。

4. 代謝指紋法：20世紀80年代初，美國BIOLOG公司開發了一種新的微生物鑒定方法-代謝指紋法，並將其應用於微生物的自動化檢測。其原理是根據細菌對碳源（或氮源）利用的差異來區別和鑒定細菌
，不同的細菌會利用不同碳源（或氮源）進入新陳代謝過程（稱為呼吸）
，而對其他一些碳源（或氮源）則無法利用，將每種細菌能利用和不能利用的一係列碳源（或氮源）進行排列組合，就構成了該種細菌特定的代謝指紋
，由於細菌在利用碳源進行呼吸時，會發生一係列的氧化-還原反應

，產生電子
，TTC（四唑紫，2

，3
，5-TriphenylTetrazoliumChloride）zaihushoudianzihou，huiyouwusedeyanghuaxingzhuanbianweizisedehaiyuanxing，tongguorouyanguanchahuojisuanjikongzhidedushuyi，jiangfanyingjieguotongshujukuzhongdezhiwenjinxingbidui
，congerdedaoxijundejiandingjieguo。

BIOLOG公司的基於代謝指紋法原理的細菌鑒定係統
，在全球擁有二十多項專利
，該係統在在96孔板條上實現95個(ge)反(fan)應(ying)
，大(da)大(da)提(ti)高(gao)了(le)鑒(jian)定(ding)的(de)準(zhun)確(que)率(lv)，代(dai)謝(xie)指(zhi)紋(wen)技(ji)術(shu)的(de)運(yun)用(yong)，使(shi)該(gai)係(xi)統(tong)與(yu)傳(chuan)統(tong)的(de)酸(suan)堿(jian)或(huo)細(xi)菌(jun)的(de)生(sheng)長(chang)反(fan)應(ying)相(xiang)比(bi)。細(xi)菌(jun)鑒(jian)定(ding)的(de)範(fan)圍(wei)更(geng)為(wei)廣(guang)泛(fan)。目(mu)前(qian)，BIOLOG的微生物鑒定係統不僅能夠鑒定常見的腸杆菌
、芽孢杆菌、棒狀杆菌
、嗜血杆菌、厭氧菌、酵母樣真菌
、絲狀真菌等近2000種微生物
，幾乎覆蓋了所有重要的人體、動植物微生物和大部分環境微生物。

現在，美國半數以上的州立實驗室和國家疾控中心（CDC）都在使用BIOLOG公司的產品，十幾年來
，BIOLOG公司在全球六十多個國家和地區共銷售了1700多套微生物鑒定係統
，今天，BIOLOG公gong司si也ye來lai到dao了le中zhong國guo，與yu複fu星xing合he作zuo成cheng立li複fu星xing佰bai路lu，其qi專zhuan為wei中zhong國guo臨lin床chuang市shi場chang開kai發fa的de基ji於yu代dai謝xie指zhi紋wen技ji術shu的de微wei生sheng物wu鑒jian定ding及ji藥yao敏min分fen析xi係xi統tong將jiang為wei臨lin床chuang實shi驗yan室shi和he廣guang大da患huan者zhe帶dai來lai更geng可ke靠kao的de微wei生sheng物wu檢jian測ce結jie果guo。