一、按來源可以分為

1.天然染色劑：主要是蘇木素
，胭脂紅，地衣紅
，番紅花。
2.合成染色劑：是從煤焦油中提取的苯衍生物。在生物染色中還使用一些無機化合物，如硝酸銀
，氯化金，磺
，鋨酸，高錳酸鉀等。

二、按主要用途分為

1.胞核染色劑：蘇木素
，胭脂紅，甲苯胺藍，美藍，孔雀綠等。
2.胞漿染色劑：伊紅
，淡綠
，橘黃G,酸性品紅,苦味酸等。
3.脂質染色劑：蘇丹Ⅲ，蘇丹Ⅳ
，蘇丹黑，硫酸尼羅藍及油紅等。

三、按染色劑分子中的發色團可分為九類

1.亞硝基類：發色團為亞硝基（-NO)如萘酚緣-B。
2.硝基染料：發色團是硝基（-NO2）如苦味酸。
3.偶氮類：發色團為偶氮基（-N=N-）屬於這一類的染色劑的橘黃G,剛果紅,俾士麥棕和許多蘇丹類的脂質染色劑。
4.醌亞胺類：這類染料含有兩個發色團，一個是印胺基（-N=），一個是醌型苯環，如硫堇
，美藍，甲苯胺藍O,硫酸尼羅藍,中性紅,堿性藏紅花O，焦油紫等。
5.苯甲烷染料：發色團是醌型苯環，如孔雀緣，淺綠，堿性品紅
，酸性品紅，結晶紫，甲基緣等。
6.山叮染料：發色團是醌型苯環
，如派羅寧
，伊紅Y等。
7.蒽醌染料：此類染色劑含有色原蒽醌，如茜素和胭脂蟲酸。
8.噻唑類。
9.喹啉類。
8，9類染色劑使用極少。

四、按染色劑的化學性質分類

染色劑的幹粉是穩定的鹽類，它們在溶液中則電離成酸性或堿性染色劑。如酸性染色劑，能夠產生氫離子（H+)或其它陽離子(Na+),而其本身成為帶負電荷的陰離子者。這類染色劑一般用於染細胞漿
，如伊紅Y，苦味酸，橘黃G等。堿性染色劑，能產生氫氧根離子（OH -)或其它負離子(如Cl-),而本身成為帶正電荷的陽離子者。這類染色劑常用於染細胞核,如堿性品紅等。
1.酸性染色劑：色原——助色團——Na→[色原-助色團]+Na+。常用的如伊紅，酸性品紅，苦味酸，橘黃G，剛果紅，水溶性苯胺藍，淡綠等酸性染料常用以染細胞漿等堿性成份。
2.堿性染色劑：色原——助色團——Cl→[色原-助色團]++Cl。常用的如蘇木素,卡紅,次甲基藍,甲苯胺藍,硫堇,美藍等堿性染料常用以染細胞核等酸性成份。
yangedishuo，suanxingransejiderongyebingbuyidingchengsuanxing。tongyang

，jianxingransejiderongyeyeweibichengjianxing。suoweisuanxinghejianxingransejijinzhitamendianlihouqifenzidezhuyaoransebufenshiyanglizihaishiyinlizi。yincichengweiyanglizixingransejihuoyinlizixingransejigengweishidang。
常規H.E染色中蘇木素染液的PH值約為7，此時胞核的化學成份電離產生H+，而其本身成為帶電荷的陰離子
，所以被陽離子型的堿性染料劑所著色。伊紅染液為弱酸性。細胞的化學成份從溶液中獲取H+而成為帶正電荷的陽離子
，因此與陰離子型的酸性染色劑（伊紅）相結合，染作紅色
，這就是H.E染色分別顯示核和胞漿的機製。
3.中性染色劑：這是酸性染色劑和堿性染色劑的複合物，又可稱為複合染料。是由堿性染料（色堿的鹽）和酸性染料（色酸的鹽）配pei製zhi而er成cheng。其qi中zhong染ran色se劑ji的de分fen子zi很hen大da，所suo以yi往wang往wang水shui中zhong溶rong解jie度du較jiao低di，需xu用yong酒jiu精jing做zuo溶rong劑ji。血xue液ye學xue中zhong的de血xue液ye塗tu片pian經jing常chang使shi用yong的de瑞rui氏shi染ran色se劑ji及ji姬ji姆mu薩sa染ran色se劑ji就jiu是shi這zhe種zhong混hun合he染ran色se劑ji。其qi中zhong的de各ge種zhong不bu同tong成cheng分fen可ke分fen剔ti使shi核he、胞漿和顆粒著色。