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掩埋消毒法 選擇地勢高燥、地下水位較低的地塊，挖一個深坑，坑的深度應達到2米以上，坑的大小應視糞便的多少而定，要使掩埋後的糞便表麵距地表50厘米為宜。消毒劑可選用漂白粉或新鮮的生石灰。可以采用混合消毒的辦法，將消毒劑與汙染的糞便充分混合，倒入坑內；也可先將坑內撒入一層消毒劑，然後將汙染的糞便倒入，每到入4厘米~5厘米的糞便，就撒入一層消毒劑，糞便頂部撒入一層消毒劑，然後覆土掩埋，頂部堆成土堆兒。5個月~6個月後，可以挖出充當肥料。
生物消毒法 糞便中含有較多的有機質，通過堆積進行生物發酵，產生大量的熱量，可殺死糞便中的非芽孢性病原微生物。
飼si養yang量liang較jiao大da的de養yang殖zhi場chang，收shou集ji的de畜chu禽qin糞fen便bian比bi較jiao稀xi薄bo，正zheng常chang情qing況kuang下xia可ke以yi采cai用yong發fa酵jiao池chi法fa進jin行xing生sheng物wu消xiao毒du。在zai遠yuan離li居ju住zhu點dian和he水shui源yuan的de地di方fang，挖wa築zhu圓yuan形xing或huo方fang形xing的de消xiao毒du池chi，消xiao毒du池chi的de邊bian緣yuan與yu池chi底di用yong磚zhuan砌qi好hao，抹mo上shang一yi層ceng水shui泥ni，防fang止zhi滲shen水shui，消xiao毒du池chi深shen度du、寬度均可達到3米，長度視實際需要而定，池口最好蓋上水泥蓋板，隻留一個倒糞口。將每天清除的糞便、墊草倒入池內，直至池滿為止。為方便使用，可以建兩個發酵池，待裝滿一個後，在裝另一個。每個發酵池裝滿後，堆積發酵13個月，即可挖出作肥料使用。
如果糞便比較幹燥，可以使用淺溝法進行生物發酵。在地麵挖一淺溝，深約20厘米，寬1.5米~2米，長度不限，隨糞便量確定，先在溝內堆放25厘米厚的非傳染性糞便或作物秸稈，再堆放欲消毒的糞便，高達1米~1.5米，然後在糞堆外麵再鋪上10厘米厚的非傳染性糞便或穀草，覆蓋10厘米厚的沙土，3個月~5geyuehou，jikewachufeitian。ruruofenbianjiaoxi，yekeshiyongcifa，danxuyaojiaruzacaohouzaiduiji。niufenhanyoujizhijiaoshao，burongyifajiao，xuyaochanruqitadongwudefenbianhuozacao，liangzhedebiliwei4∶1。
焚燒消毒法 在發生炭疽、氣腫疽、梭菌感染等傳染病時，病原菌容易產生芽孢，一般消毒方法又不能殺死芽孢，所以，糞便、飼料、汙物需要采用焚燒法進行嚴格的消毒處理。
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