不同型號和生產廠商的熱循環儀可能會展現出不同的性能和可重複性。 這些不同不僅會影響PCR效率也會對獲取數據的準確性和一致性造成影響[1-3]。 過度使用的熱循環儀的可靠性,以及當問題出現時可提供的支持,都是在進行熱循環儀選擇時需要考慮的重要方麵。 因此,了解可影響PCR結果的熱循環儀特點可幫助我們最大程度實現實驗的成功。
1. 加熱模塊之間準確而一致的溫度
熱循環儀溫度的準確性可能會對PCR的成敗與否起決定性作用,因為PCR的三個主要步驟都依賴於溫度。 類似地,加熱模塊上孔與孔之間的溫度一致性對於獲取可靠而可重複的PCR結果也是至關重要的。 因此,所使用的熱循環儀能在模塊之間準確到達設定的溫度並具有一致性十分關鍵。
確保熱準確性的一種方法就是經常使用溫度驗證試劑盒進行檢測並根據需要由接受過培訓的專業人士進行重新校準。 溫度驗證檢測通常可用於:在等溫模式下相對於設定溫度的孔間準確性、在溫度轉換後相對於設定溫度的孔間準確性、熱蓋溫度的準確性(可影響模塊和樣品溫度)
2. 用於引物退火優化的精確溫度控製
梯度溫度控製是熱循環儀一項可有助於PCR中引物退火優化的功能。 梯度設定的目的是在模塊之間實現變化的溫度,通過每列之間≥2°C的間隔溫度升降,使得可同時對於一係列的溫度進行測試以獲取最佳的引物退火溫度。
理論上,真正的梯度可在模塊之間實現線性的溫度。 然而,梯度熱循環儀通常隻采用單一的熱模塊並通過位於兩端的兩個加熱及冷卻元件進行溫度的控製。 該設計經常會導致以下限製[5]:
· 僅能設置兩個溫度:在熱模塊的兩端設置成引物退火的高、低極限溫度。 因此,無法在模塊間實現其他溫度的精準設置。
· 由於不同列之間的熱交換,模塊上不同區域之間的溫度更可能遵循的是S形的曲線變化而非真正的線性梯度。
具有“better-than-gradient”技術的熱循環儀可實現更好的引物退火溫度控製[5]。 該技術的一種形式便是設計帶有三個或更多分割金屬模塊的熱循環儀,每一模塊都具有獨立的加熱和冷卻元件。 相比於梯度模塊,該模塊設計可帶來:
· 獨立設置三種或更多不同溫度的能力,以便使得每個獨立的區域都能進行更好的溫度控製,特別是在優化過程中。
· 獨立金屬模塊的絕熱性阻止了模塊之間的熱交換。 這就可實現更為精準的模塊溫度控製,確保模塊之間實現真正線性的溫度變化。
3. 獲得準確的樣品溫度: 升降溫速度,維持時間及算法
熱循環儀對於樣品溫度控製的能力對於PCR檢測結果的準確性和整體性能十分重要。 儀器特異性的參數如升降溫速度,維持時間以及算法對於預測樣品溫度(包括模塊溫度都是準確控製樣品溫度的關鍵[6]。
熱循環儀的升降溫速度意味著在一定時間內發生的PCR步驟之間的溫度變化,並通過用攝氏度每秒(°C/sec)作為單位。 相應的“升溫”和“降溫”分別代表著熱模塊的加熱和冷卻過程。
由於熱量從模塊傳輸至樣品需要一定的時間,樣品實際的升降溫速度會較慢(相對於模塊)。 因此,對於變溫速度的定義需要進行區分和了解。
· 最大或峰值模塊升降溫速度代表在進行升降溫過程中非常小的一段時間內模塊可以達到的最快溫度變化。
· 平均模塊升降溫速度代表在一段更長的時間內溫度變化的速度,對於熱循環儀的速度會提供一種更具代表性的測量。
· 最大樣品升降溫速度及平均樣品升降溫速度反映的是樣品實際獲得的溫度。 因此,樣品升降溫速度會為熱循環儀的性能以及其對於PCR結果的潛在影響提供一種更為準確的比較。
由於熱循環儀的升降溫速度會對PCR結果產生影響,當進行熱循環儀更換時,推薦使用帶有可模擬之前模式升降溫速度程序的儀器以實現更為簡易的更換並對PCR的重複性產生最小的影響。
4. 滿足不同實驗通量的靈活性及設計
在一定時間內可以在熱循環儀內進行的反應數對於PCR實驗的效率十分重要。 可提升熱循環儀通量的因素包括升降溫速度、熱模塊構造以及自動化平台的整合。
熱循環儀的升降溫速度代表了其達到設置溫度的速度。 升降溫速度越快,PCR運行的速度就會越快,也就是在一定時間內可以完成更多的實驗。 此外,使用可更快合成目標DNA的DNA聚合酶也可對高通量實驗進行加速[7]。
熱循環儀模塊的設計對於PCR實驗的設置也至關重要。 例如,可替換的模塊就可為每輪運行帶來樣品數量上的靈活性。 此外,具有可單獨控製的多個模塊的加熱模塊是在一台熱循環儀上同時運行不同PCR程序的理想選擇。
對於自動化的高通量PCR,熱循環儀應該可編程並兼容控製移液處理係統的軟件。 自動化係統是進行高通量PCRfanyingdelixiangxuanze,yinweiqikeyizaijihumeiyourenweiganyudeqingkuangxiachixubuduandiyunxing,yinerjiangshougongshiyanshezhisuoxudeshijianzuixiaohua,bingtigaozaiyidingshijianneikefanyingdeshuliang。 因此,對於比較簡易而靈活的自動化平台進行整合的需求是存在的,從而實現移液處理或板堆疊的完全自動化操作。
最後,當使用一組熱循環儀時,通過雲端或on-premise服務器對於儀器進行遠程控製,是相對於菊花式(“daisy chain”)有線連接更為便捷並有需求的連接方式。
5. 熱循環儀的可靠性,耐久性及質量保證
除了性能和通量能力外,熱循環儀也應當能夠承受一定的重複使用、環境壓力以及運輸條件。 一些生產廠商可能會對儀器如何進行可靠性和耐久性的檢測進行過報道[8]。 相應的熱循環儀檢測包括:
· 組件可靠性: 機械裝備會被用於對經常使用的儀器組件如熱蓋、控製麵板/觸摸屏以及溫度循環模塊進行重複的測試。
· 環境壓力: 可使用環境艙來模擬常規實驗的不同條件,如溫度、濕度以及海拔(圖7B)。
· 運輸檢測: 可根據國際安全運輸協會(ISTA)標準進行激烈的衝擊和振動檢測,以確保儀器可在無受損的工作條件下運達。
6. 維護熱循環儀的質保和服務
盡(jin)管(guan)有(you)嚴(yan)格(ge)的(de)可(ke)靠(kao)性(xing)和(he)耐(nai)久(jiu)性(xing)測(ce)試(shi),熱(re)循(xun)環(huan)儀(yi)在(zai)儀(yi)器(qi)的(de)使(shi)用(yong)壽(shou)命(ming)周(zhou)期(qi)內(nei)仍(reng)然(ran)不(bu)可(ke)避(bi)免(mian)地(di)會(hui)存(cun)在(zai)技(ji)術(shu)性(xing)問(wen)題(ti)。為(wei)了(le)消(xiao)除(chu)後(hou)顧(gu)之(zhi)憂(you),在(zai)進(jin)行(xing)購(gou)買(mai)儀(yi)器(qi)時(shi)應(ying)該(gai)考(kao)慮(lv)由(you)生(sheng)產(chan)廠(chang)商(shang)所(suo)提(ti)供(gong)的(de)質保、服務和維護。 需了解:
· 服務的靈活性如上門/返廠維修,遠程監控服務,維修過程中的替代儀器等,來最大降低對於工作效率的影響。
· 質保期的長短,服務的周轉時間,技術支持的可接觸度,以及專業支持人員的技能和知識。
· 儀器安裝、操作、合作、驗證的可行性來滿足實驗室和相關規定的要求
· 可獲取如溫度驗證、檢測、校準和清洗的維護服務以確保儀器正常發揮相應的參數性能
總之,熱循環儀的特點如性能、設計、可靠性以及可獲得的支持和服務,是選擇PCR儀器需要考慮的重要因素。
參考文獻
1. Thermo Fisher Scientific Inc. (2015) 熱循環儀溫度準確性:不同型號間的比較。 (應用資料)
2. Thermo Fisher Scientific Inc. (2015) 熱循環儀擴增的穩健性:不同型號間的比較。 (應用資料)
3. Thermo Fisher Scientific Inc. (2015) 熱循環儀樣品擴增的均一性:不同型號間的比較。 (應用資料)
4. Kim YH, Yang I, Bae YS等。 (2008) 快速PCR循環條件下熱循環儀的性能評估。 Biotechniques 44:4. 495–505.
5. Thermo Fisher Scientific Inc. (2017) VeriFlex熱循環溫度控製技術 (應用資料)
6. Thermo Fisher Scientific Inc. (2015) 熱循環儀:熱循環關鍵概念和升降度速率。 (應用資料)
7. Thermo Fisher Scientific Inc. (2018) 用於高通量PCR的Platinum II Taq Hot-Start DNA 聚合酶。 (應用資料)
8. Thermo Fisher Scientific Inc. (2015) Applied Biosystems熱循環儀:可靠性及質量檢測。 (應用資料)
手機版








