各種杆菌的大小、長短、彎度、粗細差異較大。大多數杆菌中等大小長2~5um,寬0.3~1um。大的杆菌如炭疽杆菌(3~5um×1.0~1.3um),小的如野兔熱杆菌(0.3~0.7um×0.2um)。菌體的形態多數呈直杆狀,也有的菌體微彎。菌體兩端多呈鈍圓形,少數兩端平齊(如炭疽杆菌),也有兩端尖細(如梭杆菌)或未端膨大呈棒狀(如白喉杆菌)。排列一般分散存在,無一定排列形式,偶有成對或鏈狀,個別呈特殊的排列如柵欄狀或v、y、l字樣。
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