學院下設的四個係分別是：食品科學與工程係、食品生物技術係和營養與食品安全係、葡萄酒學院；七個中心（重點實驗室）分別是：農業部農產品質量監督檢驗檢測中心（北京）、農業部轉基因生物食用安全監督檢驗檢測中心（北京）、教育部、北京市（共建）功能乳品重點實驗室、教育部果蔬加工工程研究中心、葡萄與葡萄酒研究中心、中日農產品加工研究中心、食品技術服務中心。
學院共有110名教職工，其中教師87人，包括教授26人、副教授39人，正副教授占教師人數75%，教師中有英國、法國、日本、以色列、荷蘭、美國等國和國內培養的博士63人，占教師人數72%。
學院擁有食品科學和工程一級學科博士學位授予點，設有6個二級學科博士學位授予點和7個碩士點。食品科學與工程在“2003年全國一級學科整體水平評估”中排名第一，農產品貯藏與加工工程為國家級重點學科和農業部重點學科，食品科學為北京市重點學科。現有博士後流動站1個，企業博士後工作站4個，此外，全國高等農業院校食品學院（係）院長（主任）聯誼會、中國農學會農產品加工與貯藏分會、中國農業工程學會農產品加工與貯藏分會、中國園藝學會園藝產品采後技術分會和葡萄酒分會均掛靠在我院。
學院現在已形成了本科生教育、研究生教育為一體的綜合性教育體係，研究領域涉及畜水產品加工理論與技術，果蔬產品加工、貯運、保鮮理論與技術，糧油食品加工理論與技術，現代農產品加工技術、裝備和品質檢測技術，天然生物活性成分的分離與應用技術，功能食品和新食品資源開發，現代農產品流通理論與產業發展戰略；轉基因食品的理論方法、檢測技術和安全性研究；食品微生物學、發酵工程、食品活性成分的分離技術、生物反應器技術；葡萄的栽培和葡萄酒釀造技術；果蔬食品的采後生理與分子生物學；食品化學、食品營養學和食品安全與質量控製等。學院的宗旨就是立足於解決中國農業、農民和農村的實際需要，倡導多學科之間的融合，為我國農產品的加工業和食品業培養優秀的人才、提供先進的理論和技術。
學院現招收食品科學專業、糧食、油脂與植物蛋白工程專業、農產品加工及貯藏工程專業、食品生物技術專業、營養與食品安全專業的工學博士生、碩博連讀生和碩士生；招收水產品加工專業工學博士生和碩博連讀生及營養與食品衛生學專業醫學碩士生。招收生物工程（食品生物工程方向、葡萄與葡萄酒方向）、食品科學與工程、食品質量與安全專業本科生。現在校研究生人數451名，其中碩士309名，博士142名，本科生800名。另外學院現有專業學位研究生（工程碩士、農業推廣碩士）150人左右。
學院承擔著“十一五”國家科技支撐計劃、國家“863”計劃、國家自然基金、農業部“948”引進項目、教育部新世紀優秀人才培養計劃、國家科技部、教育部、農業部等資助的科研項目。另外還承擔著企業、部門之間的橫向課題和多項國際合作科研項目。
學院在多年的發展過程中，與許多國內外知名企業和院校形成了良好的合作與交流關係。學院與中糧集團、彙源集團、今麥郎、愛普公司、雨潤集團、蒙牛集團、伊利集團，雀巢、卡夫、聯合利華、美國普渡大學、美國加利佛尼亞大學戴維斯分校、日本食品綜合研究所、日本國際農林水產業研究中心、荷蘭瓦赫寧根大學等保持著經常而廣泛的交流與合作。
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